根据目前开展的噬菌体治疗经验以及国外相关案例的文献报道，在噬菌体制剂符合良好生产规范或类似的监管标准的前提下，噬菌体治疗安全性较高。如在口服、局部应用、雾化吸入或静脉注射时，观察到短暂的副作用。例如，一位患者在两次高剂量注射噬菌体制剂后出现发热、呼吸短促和喘息，退烧药对症处理后症状缓解，后续使用较低剂量的噬菌体制剂，则没有再次出现发热等症状。另一名患者在雾化吸入双链RNA噬菌体进行治疗后出现发热，对症处理后迅速缓解。一名女性患者在接受第一剂静脉注射噬菌体后，在感染部位（脚后跟）出现发烧和短暂疼痛增加。

总体上，噬菌体治疗的安全性较高，副作用较为少见，对症处理即可，其他不良反应的相关报道较少。但是，须针对所有不良反应提前准备相应设备和药物，如监护仪、非甾体类抗炎药、抗过敏药等。对出现不良反应的患者应及时对症治疗。对出现严重不良反应的患者应立即停止噬菌体治疗并及时对症治疗。

细菌可通过变异等多种机制对噬菌体产生抵抗，导致感染的复发。因此，在噬菌体的选择上，首选相对广谱、高效的一线噬菌体。如果治疗后出现噬菌体耐受菌，可对其再次分离有效的噬菌体进行第二轮噬菌体治疗，有时需要进行多轮的治疗才能彻底治愈。如果时间允许，还可在实验室先分离噬菌体耐受菌，再配型针对噬菌体耐受菌的"二线"噬菌体，从而制备一组噬菌体"鸡尾酒"，一起使用可以有效预防耐受菌的出现。此策略在多位新冠肺炎继发泛耐药肺炎克雷伯菌肺部感染的患者中应用，并取得较好的疗效。此外，也可再次测试耐受菌对抗生素的敏感性，如果噬菌体耐受菌的药敏谱改变，可选择相应敏感抗生素进行后续治疗。

噬菌体与抗生素的杀菌机制不同。如果还有有效的抗生素可选择时，推荐噬菌体与抗生素的联合使用。噬菌体治疗临床案例大多是采用噬菌体与抗生素协同使用的策略，可更快地杀灭细菌、减少复发的概率，同时，噬菌体还有可能导致噬菌体耐受菌恢复抗生素敏感性，因此，噬菌体与抗生素的协同使用可更彻底地清除细菌感染。目前还没有临床试验来比较噬菌体单独使用与噬菌体-抗生素联用的效果差异，这是今后可以开展的一个临床研究方向。

超级细菌通过污染医院环境导致感染在院内持续传播。已有实践表明，针对病房及患者的超级细菌分离噬菌体，然后利用造雾机对噬菌体进行雾化，可使噬菌体广泛分布于病房各个物品表面，从而有效杀灭病房物品表面的超级细菌，显著减少超级细菌院内传播的风险，是院感防控、减少超级细菌感染概率的创新性方案。部分患者住宅中的物品表面也有超级细菌污染，是金黄色葡萄球菌等细菌持续传播和感染的重要根源，可同样采用住房环境喷雾，减少耐药菌的定植和传播。

每次噬菌体治疗后24小时需密切观察患者情况，如有不良反应，应立刻处理并及时上报。1个疗程治疗结束后的1周内应对患者细菌学指标、感染指标和临床症状改善情况进行评估。噬菌体治疗疾病的随访及疗效判断指标主要遵循细菌感染性疾病的治疗指南，首要评价指标为显著抑制、降低或清除病原菌；次要评价指标为临床症状显著改善。

噬菌体治疗不应影响患者常规治疗（含抗菌药物治疗）。如第1个疗程结束1周后首要评价指标无改善，需对治疗后检出的细菌重新进行噬菌体配型，并根据配型结果重新评估是否满足噬菌体治疗适应证。如患者接受噬菌体治疗后病原菌清除，则可结束噬菌体治疗。如噬菌体治疗后显著抑制、降低病原菌和/或患者症状明显改善，可重复2-3轮噬菌体治疗后结束治疗，视噬菌体配型情况决定中间是否更换噬菌体鸡尾酒组合。如患者连续3轮噬菌体治疗后首要评价指标和次要评价指标均无改善，此时不应继续噬菌体治疗，以免耽误病情。

随访至末次噬菌体治疗结束后至少4周，有条件者应进行大于1年甚至5年以上的长期随访。