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根据送检标本类型、报告形式及内容判断检测结果是否规范可信。
参照附表1判断mNGS检出的微生物为致病性微生物、条件致病微生物还是定植微生物。致病性微生物在肺内定植可能性低,阳性结果多考虑为导致感染的病原。条件致病微生物需结合患者的宿主因素、血液理化指标和影像学特征、抗感染药物用药史及治疗反应、传统微生物学检测结果综合分析进一步判断是否致病。定植微生物引起下呼吸道感染(LRTI)的可能性低,多不考虑致病,但吸入性肺炎、肺脓肿、脓胸等混合性感染时,口腔定植微生物也可能致病。经皮穿刺肺活检标本或胸腔积液标本检出的皮肤定植微生物,通常不致病。遇到不熟悉的微生物,可借助病原检索工具查询其在既往感染性病例中的报道。
如确定为致病病原体(注:此处致病病原体为临床决策后的微生物分级,不同于上文致病性微生物),可根据该结果进行针对性治疗。如判断为可能致病病原体,则需评估患者病情状况:危重症患者,可结合临床特征先根据mNGS结果调整抗感染方案,同时寻求其他支持证据(如临床微生物室涂片/培养结果、抗原/抗体检测结果、PCR检测结果等)综合判断其致病的可能性和进行针对性治疗的必要性;非危重症患者可先寻求其他支持证据,再调整治疗方案。
若mNGS结果为阴性,但综合临床特征,仍强烈怀疑为感染性疾病,则建议对报告中的背景微生物、原始数据列表或其他病原微生物检测结果进行分析(图1)。若临床特征支持非感染性疾病,应对原发疾病进行诊治。
若经过以上流程,仍无法确认致病病原体,可组织MDT讨论。
鉴于mNGS 用于诊断LRTI 尚缺乏充分的循证医学证据,因此,临床医师在使用每一例报告后应进行回顾性分析总结,积累临床经验。
节选自《下呼吸道感染宏基因组二代测序报告临床解读路径专家共识》
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