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双脱氧测序技术增强了KIT突变的检测率丨今日前沿

2026-02-09作者：论坛报晶资讯

原创

在基于二代测序热点panel对胃肠间质瘤的初步评估中，双脱氧测序技术增强了KIT突变的检测率

Dideoxy Sequencing Enhances Detection of KIT Mutations in Gastrointestinal Stromal Tumors Initially Evaluated by Next-Generation Sequencing Hotspot Panels

摘要

胃肠间质瘤（GIST）以KIT或PDGFRA基因突变为主要特征。突变检测对优化治疗方案至关重要。二代测序（NGS）panel在GIST的评估中具有重要价值，因其同时检测多个基因。然而，对甲醛溶液固定标本进行短读长序列NGS检测时，存在漏检较大插入或缺失变异的风险。在过去9年间，我们采用基于扩增子的半导体NGS技术对55例样本进行了GIST相关分子检测，采用的panel包括Ion AmpliSeq 癌症热点panel2.0版（GIST专用定制检测panel）或Oncomine Precision Assay。所有阴性病例按照临床方案均通过双脱氧测序法进行KIT与PDGFRA突变检测。在进行补充测序前，55例完成检测的样本中，47例（85%）经NGS检测KIT或PDGFRA突变阳性。另有3例检测出其他基因的致病性变异。经双脱氧测序的5例（占所有样本的9%）均检出致病性或可能致病性KIT突变。总计12%的KIT突变需通过双脱氧测序技术才能识别，突变类型为12至39个核苷酸的缺失或重复变异。研究结果表明，基于扩增子的短读长序列NGS检测可能漏检相对数量具有临床意义的KIT突变，应考虑对KIT和PDGFRA NGS检测阴性病例采用其他替代检测方法进行后续补充检测。

喻林教授

复旦大学附属肿瘤医院

复旦大学附属肿瘤医院病理科

简评

分子检测是GIST靶向治疗的重要依据和基石。目前，国内GIST分子检测的主要手段仍以一代测序为主，NGS检测尚未在GIST中广泛开展，定制的专用GIST GNS检测panel更是鲜有。

一代测序主要针对KIT和PDGFRA基因的常见热点突变设计，其相对NGS而言，存在的一定的漏检风险，本中心前期对比研究显示，一代测序的漏检率达15%，且多见于KIT基因11外显子。尽管NGS一定程度上提高了检出率，降低了漏检风险，但仍有少数具有明确临床意义的突变仍可能无法被识别，尤其是基于短读长序列的NGS检测平台。该研究通过真实病例数据揭示了基于扩增子建库的NGS存在漏检一定数量具有临床意义的KIT突变，特别是KIT基因大片段缺失和重复突变。作者创新性地提出将双脱氧测序作为NGS阴性病例的补充检测策略，构建并验证了一套从初筛到验证的层次化检测路径，即“NGS热点panel初筛→阴性病例双脱氧测序靶向验证→必要时广谱平台复核”，为完善GIST分子分型提供了实用且高效的检测流程，亦为临床分子诊断实验室建立标准化、高性价比且不漏检的GIST突变检测流程提供了可参考、可操作的范本。当然，该检测策略的临床应用仍面临一些有待解决的问题，如不同检测平台技术的整合与检测流程的标准化，及在组织样本有限的情况下多步骤检测的可行性等。尽管如此，本研究无疑为提升GIST分子诊断的精准性提供了重要的方法学依据与实践路径，对完善和优化GIST的治疗策略具有积极而深远的意义。

来源：北京大学肿瘤医院

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