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成果名称：Omicron急性感染期的病毒和抗体动力学规律
发表期刊：《柳叶刀·微生物学》[Lancet Microbe，IF（2022）：38.2]
通讯作者：卢洪洲、刘映霞
第一作者：杨杨、袁静、郭利萍
主要作者单位：深圳市第三人民医院（南方科技大学第二附属医院）
推荐理由
该研究全面解析了新型冠状病毒Omicron突变株急性感染期的病毒和抗体动力学特征，研究结果为制定更有效的人群筛查策略、抗病毒治疗方案、疫区人员隔离方案以及疫苗接种等公共卫生策略提供了重要参考依据。
研究解读
在这项前瞻性队列研究中，研究团队对2020年1月11日至2022年4月24日期间在深圳市第三人民医院住院的SARS-CoV-2确诊感染患者进行了筛选，然后纳入了免疫功能正常、未使用SARS-CoV-2靶向抗病毒药物治疗的急性期感染患者。
研究团队采集系列鼻咽拭子和血浆样本，检测了SARS-CoV-2病毒RNA和特异性IgG抗体，然后采用局部多项式回归拟合计算并比较了与发病天数或者实验室确诊天数相关病毒和抗体动力学，以及病毒在整个感染过程中的复制动力学。使用Mann-Whitney U检验和Gehan-Breslow-Wilcoxon方法分析病毒和抗体动力学与疫苗接种、年龄、性别、疾病严重程度和基础健康状况之间的关联。该研究最终纳入并分析了采集自2043例SARS-CoV-2急性期感染者[原型株（A.1）和D614G突变株（B.1），N=217；Delta突变株（B.1.617.2），N=105；Omicron突变株（B.1.1.529），N=1721]的15406个鼻咽拭子样本和2324个血浆样本检测结果。
分析结果显示，Omicron突变株感染患者在发病第一天（无症状感染者确诊当天定义为发病第一天）的平均Ct值为22.65[95%置信区间（CI）：22.05~23.26]，平均需要3.19天（95%CI：3.09~3.28）达到峰值病毒载量（平均Ct值17.63，95%CI：17.47~17.79），平均需要13.5天（95%CI：13.32~13.67）达到病毒清除病毒标准（Ct值≥35）。与野生型毒株和Delta突变株相比，Omicron突变株复制更快、病毒清除时间更短，其发病第1天和峰值病毒载量均低于Delta突变株、高于野生型毒株。
年龄、性别、疾病严重程度和基础疾病与Omicron突变株的病毒动力学相关，在儿童（0~14岁）、男性、无症状和无基础疾病的患者中病毒清除速度更快。整个感染过程的病毒动力学分析结果显示，Omicron突变株感染后平均需要5.06天（95%CI：4.76~5.36）达到峰值病毒载量，平均14.27天（95%CI：13.6~14.93）达到病毒清除标准。抗体动力学分析结果显示，与未接种疫苗的感染者相比，即使最后一针疫苗的接种时间与感染时间的间隔超过7个月，Omicron突变株突破感染者体内SARS-CoV-2特异性抗体产生的更早、更快，达到的峰值更高。
该研究以“Viral and antibody dynamics of acute infection with SARS-CoV-2 omicron variant （B.1.1.529): a prospective cohort study from Shenzhen, China”为题发表在《柳叶刀》（Lancet）杂志子刊《柳叶刀·微生物学》（Lancet Microbe）杂志（中国科学院1区，IF：38.2）。
专家点评
研究团队所在的深圳市第三人民医院（国家感染性疾病临床医学研究中心），是一家以传染病救治为特色的“强专科，大综合”的现代化三级甲等研究型医院，是深圳市及周边地区突发新发传染病的定点收治医院。在新型冠状病毒疫情期间，医院承担了深圳及周边地区SARS-CoV-2确诊患者的救治工作，同时充分结合临床和疫情防控的迫切需求，开展了系统的研究，取得了一系列国内外领先的原创性研究成果。
阐明病毒感染宿主以后的排毒规律能够为我们理解病毒感染、诊断、传播、致病机制以及设计有效的监测、筛查和抗病毒治疗策略提供重要的依据。新型冠状病毒疫情初期，研究团队就开始致力于解析SARS-CoV-2感染患者的排毒规律。
首先，研究团队针对SARS-CoV-2检测假阴性结果频发的现象，系统比较不同呼吸道样本的排毒规律，评估了不同种类呼吸道样本用于SARS-CoV-2实验室诊断的准确性，发现不同病程期间均是痰液样本的阳性率最高，其次为鼻咽拭子，为提高新型冠状病毒的实验室诊断与筛查准确率提供了重要依据（Innovation. 2020 Nov 25;1（3）:100061. ESI高被引论文）。其次，率先发现并公布了新型冠状病毒感染患者的粪便样本中能够检测到病毒核酸，并成功从一例患者的肛拭子中分离到了活病毒，为可能的“粪口传播”途径提供了重要证据。同时，阐明了新型冠状病毒感染患者肠道排毒的规律，发现其排毒时间显著长于呼吸道，证明了检测肛拭子样本对疫情防控的重要性[Gastroenterology. 2020 Sep;159（3）:1158-1160.e2.]。
Omicron突变株凭借其强大的免疫逃逸能力和高效的人际间传播能力，迅速取代其他突变株成为主要的流行毒株，给当时的疫情防控政策带来巨大挑战，及时阐明其排毒规律能够为诊断、监测、人群筛查监测以及抗病毒治疗策略的优化和更新依据。因此，该研究团队又充分利用自身优势，前瞻性设计了病毒载量及抗体应答的监测方案，系统明确了Omicron突变株感染发病后多久达到峰值病毒载量、多久能够清除病毒、影响排毒的因素，同时也明确了疫苗接种对于排毒和抗体动力学的积极影响[Lancet Microbe. 2023 Jul 14;S2666-5247（23)00139-8.]。
总之，研究团队的相关研究紧密围绕临床和疫情防控需求，研究成果能够直接指导患者的救治和疫情防控策略的制定，具有非常重要的意义。
作者介绍
通讯作者
卢洪洲
主任医师、博士研究生导师，南方科技大学讲席教授，教育部长江学者，美国微生物科学院院士；现任深圳市第三人民医院院长、党委副书记，国家感染性疾病临床医学研究中心主任，深圳市首届疫情防控公共卫生专家组组长。入选国家百千万人才工程、“有突出贡献中青年专家”，享受国务院特殊津贴；担任世界卫生组织新发传染病临床诊治培训与研究合作中心主任，国际流感和呼吸道病毒感染学会(ISIRV)抗病毒小组(AVG)委员，国家疾病预防控制专家委员会委员，国家卫生健康委艾滋病、流感、埃博拉病毒病、感染病质量控制中心专家；获得国家科学技术特等奖、法国国家医学科学院第三届“夏邦克-杜博赛奖”、上海市科学技术一等奖、上海医学科技一等奖等奖项；入选美国斯坦福大学2021、 2022年、2023年（国内学者微生物学领域第3名）全球前2％顶尖科学家榜单及《终身科学影响力排行榜》；担任Drug Discoveries & Therapeutics杂志国际领域首席编辑和执行编辑；AIDS中文版、Bioscience Trends、iLABMED杂志主编。目前以第一作者或通讯作者在Nature、NEJM、Lancet Microbe、Science Translational Medicine等杂志发表SCI论著360余篇；先后承担国家科技重大专项（4项）、国家重点研发计划（2项）、“863”、国家自然科学基金（7项，包括1项重大项目）、美国盖茨基金、国家临床重点专科等54项科研课题。
通讯作者
刘映霞
主任医师、二级教授，博士研究生导师，第四届中国中西医结合学会传染病专委会主任委员，中国研究型医院学会感染病专委会副主任委员，中华医学会感染病学分会委员，粤港澳大湾区感染病学联盟副主席，广东省医学会感染病学分会副主任委员，首届深圳市感染病质控中心主任。2013年被评为深圳市地方级领军人才和深圳市高层次人才，2022年入选深圳卫生系统首届特聘岗位A类人才。入选2021年全国感染性疾病领域专家国际论文学术影响力百强排名前二十， 2021、2022、2023年度连续三年入选全球“高被引科学家”和全球2%顶尖科学家榜单。主持国家自然科学面上基金、科技部重点研发计划子课题等三十余项课题，其系列研究成果获广东省科技进步奖特等奖、中国中西医结合学会科技进步奖一/二等奖、深圳市自然科学奖二等奖等。目前以第一和通讯作者在JAMA、Nat Microbiology、Lancet Microbe、Gastroenterology、Am J Respir Crit Care Med、PNAS、CID、Cell Host & Microbe（封面）等专业期刊发表SCI论文100余篇。
第一作者
杨杨
博士，深圳市第三人民医院（国家感染性疾病临床医学研究中心）特聘研究员，南方科技大学硕士研究生导师。主要从事病毒感染性疾病的致病机制和抗病毒药物研究，H指数24，连续3年（2021-2023）入选全球前2%顶尖科学家榜单，担任hLife和iLABMED杂志青年编委。目前以第一作者和通讯作者（含共同）在JAMA、Nature Microbiology、Lancet Microbe、Nature Biomedical Engineering等杂志发表SCI论文50余篇；相关研究成果获得广东省科技进步特等奖1项，深圳市科技进步二等奖1项。目前主持国家自然科学基金面上项目、“十四五”科技重大专项、深圳市技术攻关等多个项目。
第一作者
袁静
医学博士，主任医师/教授，博士研究生导师，深圳市第三人民医院新发传染病医学中心主任、新冠肺炎应急院区负责人，深圳市第三人民医院感染二科主任，国家/广东省感染病临床重点专科学科带头人，主要从事新发突发传染病的临床特征研究及机制研究；担任中国中西医结合传染病专业委员会委员，中华医学会热带病与寄生虫病学分会虫媒传染病学组委员，中华医学会结核病分会脑膜炎学组委员，广东省肝脏病学会肝炎专业委员会副主任委员，广东省医院协会传染病管理专业委员会副主任委员，广东省医学会感染病学分会常务委员；担任《中华实验和临床病毒学杂志》《临床肝脏病杂志》《国际流行病学传染病学杂志》编委；累计获国家省市级科研成果奖14项，专利4项，发表论文60余篇，专著7部。
第一作者
郭利萍
理学博士，博士后，现任广西医科大学基础医学院副教授。于2020年毕业于中山大学医学院，2023年在南方科技大学第二附属医院（深圳市第三人民医院）完成博士后专职研究工作，研究方向为新病原体发现、病原微生物的大数据挖掘、病原体与宿主之间相互作用的机制研究。累计发表 SCI 论文 1 2 篇，其中以第一作者（含共一）发表SCI论文 8 篇，包括 5 篇 JCR 分区 1 区论文 ，以及 2 篇 2 区论文，论文发表在Lancet子刊Lancet Microbe， Nature 子刊 Signal Transduction and Targeted Therapy（STTT），病毒学权威杂志Journal of Virology等期刊。目前主持市级自然科学面上基金两项；参编论著一部。
团队介绍
研究团队由卢洪洲院长和刘映霞副院长领衔，包括基础研究团队和临床团队。团队成员紧密结合临床和疫情防控的需求，长期致力于流感病毒、新型冠状病毒、虫媒传播病毒、HIV等突发新发传染病的实验室诊断及发病机制研究，相关研究成果发表在NEJM、JAMA、Nature、Science、Nature Microbiology、Cell Host & Microbe、Lancet Microbe等杂志，为传染病的防治提供了重要参考信息。
每一项临床研究都倾注着研究团队的心血结晶。学习过后，您是否有所收获？或有疑问想与主创团队分享？请在评论区留言，期待与您交流！
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