壹生资讯-感染发生在正常有微生物定植的部位，能用mNGS检测吗？

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2021-12-19作者：论坛报木易资讯

感染非原创

微生物学适应证

针对微生物，考虑出现疑似新发病原体，或某特殊病原体，缺乏传统技术或传统技术手段不能确定种属时，建议常规检测的同时，或在其基础上，开展mNGS。
临床表现高度怀疑感染性疾病，而多种传统技术反复检测不能明确致病微生物，但仍高度怀疑微生物所致，建议继续完善更多检测技术的同时或在其基础上，开展mNGS。
传统病原学检测的结果不能解释临床表现的全貌或/和抗感染治疗的反应，怀疑同时存在其他病原感染时，建议进一步完善更多检测技术的同时或在其基础上，开展mNGS。
感染性疾病的病原体已明确或高度怀疑某病原体，临床表现提示该病原体可能具有特殊的毒力表型，需要了解其毒力因子的相关信息时，可以考虑对感染相应临床标本进行mNGS物种鉴定的同时，采用mNGS检测毒力基因。

耐药学适应证

耐药性的分子生物学检测（指PCR方法为主的核酸扩增技术）于2019年正式写入CLSIM100文件。mNGS耐药性检测结果难以解释，尤其是标本来自正常情况下有微生物定植或污染的部位。

感染发生在正常有微生物定植的部位，或检测标本采集有污染时（如支气管肺泡灌洗液），不建议采用mNGS进行耐药性检测。
感染发生在正常无微生物定植的部位且标本采集过程污染概率低时，可以考虑采用mNGS进行物种鉴定的同时检测耐药基因，并通过耐药表型试验对耐药基因进行验证。对有菌种特异性的耐药性基因，在测序深度足够时，可以考虑应用mNGS检测获得性的耐药基因，预测耐药表型。

本文节选自《宏基因组高通量测序技术应用于感染性疾病病原检测中国专家共识》

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