1　呼吸系统感染临床送检适应证

推荐1：疑似社区获得性下呼吸道感染（LRTI）的危重症患者，建议送检mNGS。

推荐2：免疫功能抑制患者的呼吸系统感染，建议送检mNGS。

推荐3：疑似慢性肺部感染或难治性感染，且既往治疗效果不佳时，建议送检mNGS。

推荐4：疑似呼吸道感染暴发且病原体不明，建议送检mNGS。

推荐5：通过有创性操作获取的组织标本，如经皮肺穿刺组织、经支气管镜肺活检组织(TBLB)及经超声支气管镜淋巴结穿刺活检组织(EBUS-TBNA)等，建议送检mNGS。

推荐6：怀疑厌氧菌引起的肺脓肿、坏死性肺炎或其他肺部感染，建议采集避免口腔菌群污染的标本(如下呼吸道标本、经皮穿刺肺活检组织及胸腔积液)，送检mNGS。

2　呼吸系统感染送检标本类型选择

推荐7：怀疑感染的肺部弥漫性病变，建议首选支气管肺泡灌洗液(BALF)；若无法耐受有创性检查，建议选择诱导痰、咳痰或者经上呼吸道吸痰标本。

推荐8：怀疑病毒性LRTI者，建议同时送检下呼吸道标本进行DNA+RNA检测。

推荐9：疑似病毒性LRTI者，若无法获得下呼吸道标本，建议采集鼻咽拭子或外周血送检mNGS。

推荐10：对于肺部外周性病灶、局限性病灶或纵隔、纵隔/肺门淋巴结肿大，应根据病灶的特点，个体化选择有创性操作方式获取组织送检。

推荐11：对于疑似肺部感染而无法取得呼吸道标本患者，建议采集外周血送检mNGS。

推荐12：对于肺部病灶疑似为全身疾病累及的患者，建议采集其他局部病灶作为次选标本，送检mNGS。

3　呼吸系统感染mNGS检测结果解读

呼吸系统标本mNGS检测结果解读需遵循以下原则：(1)检出结果需结合临床表现、实验室检查及胸部影像学；(2)检出结果需结合其他传统微生物报告，并通过其他检测技术进行交叉验证；(3)结合检出微生物的种类、特异性序列数级相对丰度判断其为致病菌、定植菌还是背景菌；(4)若单一标本无法判定是否致病微生物，有条件情况下可结合多个不同类型标本的检测结果判断。

推荐13：若痰标本或BALF检出上呼吸道常见定植微生物，如草绿色链球菌、奈瑟菌属、嗜血杆菌属、普雷沃菌属、韦荣球菌属、罗氏菌属、凝固酶阴性葡萄球菌、肠球菌属、念珠菌属等，考虑定植可能大。

推荐14：若痰标本或BALF检出不存在或很少存在于口腔的病原体，如嗜肺军团菌、衣原体、百日咳博德特氏菌、白喉棒状杆菌等，考虑致病微生物可能大。

推荐15：若呼吸道标本检出结核分枝杆菌复合群 (MTBC，包括MTB、卡内蒂分枝杆菌、非洲分枝杆菌和牛分枝杆菌)，即使序列数极少，仍需考虑其为致病微生物的可能。

推荐16：若呼吸道标本检出NTM，需结合所检出分枝杆菌属排名情况及种的类别，如常见致病的鸟胞分枝杆菌复合群、脓肿分枝杆菌复合群、堪萨斯分枝杆菌，考虑其为致病微生物的可能。

推荐17：若呼吸道标本检出隐球菌属、曲霉属、毛霉属及其他丝状真菌，若检出序列数较低，需结合影像学、血清学、组织病理学等考虑其为致病微生物的可能。

推荐18：医院获得性肺炎/呼吸机相关肺炎(HAP/VAP)患者若检出院内感染病原体，如鲍曼不动杆菌、铜绿假单胞菌、肺炎克雷伯菌及嗜麦芽窄食单胞菌等条件致病菌，需要将检出序列数、相对丰度与机械通气、临床信息、影像学证据综合考虑是否为致病微生物。

推荐19：免疫功能抑制患者的呼吸系统感染检出的低毒力病原体，需考虑致病微生物可能大。

推荐20：mNGS如检出高传染性或高致病性病原体，无论特异性序列数多少都应充分重视，需对检测结果进行复核以及使用其他检测技术验证。

推荐21：呼吸道标本若检出环境中广泛存在的微生物时，需考虑标本处理过程中的污染。

推荐22：呼吸系统标本若检出大量口腔厌氧菌，需结合患者的病史、标本类型，必要时结合文献资料综合判读。

推荐23：若2种类型呼吸道标本或1种呼吸道标本与1种非呼吸道标本同时检出同一病原体，需考虑有临床意义。

来源：中华临床感染病杂志, 2022,15(2) : 90-102.

本文节选自《呼吸系统感染中宏基因组测序技术临床应用与结果解读专家共识》