点击上方图片，查看感染指标专题

呼吸道感染标本类型的选择首先需考虑从原发感染部位采集，下呼吸道感染（LRTI）更为复杂，肺部病灶部位、形态、大小、咳痰质量、有创操作耐受情况等均会影响选取最合适的标本类型。常见考虑送检的标本类型、采集要求、保存条件及特殊说明见表1。以下送检推荐，建议在送检mNGS的同时送检传统微生物检测。

对于LRTI，最常见送检标本是BALF和痰。BALF直接取自下呼吸道，相较于痰标本黏稠、不均匀以及易被口咽部定植菌影响的短板，更推荐BALF作为LRTI的首选标本。然而，收集BALF需进行有创的纤维支气管镜检查，需考虑患者耐受情况，咳痰、诱导痰或经上呼吸道吸痰标本可作为一种替代标本。虽然没有mNGS在同一患者的BALF与痰标本检出阳性率及临床符合率的研究，多个研究结果也证实了BALF在检出各种病原体中的优势。

病毒性肺炎的常见呼吸道病原体可分为RNA病毒及DNA病毒，以RNA病毒为主。常见的RNA病毒包括流感病毒、副流感病毒、鼻病毒、呼吸道合胞病毒、人冠状病毒、人偏肺病毒和肠道病毒(如柯萨奇病毒、埃可病毒)等，DNA病毒常见腺病毒、CMV、单纯疱疹病毒等。行DNA和RNA检测所需标本保存条件有所区别，RNA容易降解，对标本的采集、保存和运输条件相对苛刻。当不能排除RNA病毒感染时，应考虑行RNA流程检测。DNA+RNA检测流程可保证对包括RNA病毒在内的全部微生物类别进行检测覆盖。

病毒性肺炎通常无明显咳痰，只有28%~33.7%的新型冠状病毒肺炎患者可以采集到痰标本。而鼻咽拭子在流感、新型冠状病毒肺炎中被证明具有很好的诊断价值。另有研究发现，血液标本在部分病毒的鉴定上优于BALF。外周血检测作为一项无创、简单及快速的检测方式，相对于BALF、肺组织活检等有创检查方法极具优势。所以如果无法获得下呼吸道标本，可以考虑采取上呼吸道标本或者外周血标本进行检测。

如果传统微生物检测方法阴性，经验性抗感染效果欠佳的局限性病灶、外周型结节团块病灶或纵隔/肺门淋巴结肿大，建议行有创性检查。需有经验的临床医师综合考虑，根据病灶大小、位置、与支气管位置、周围血管分布以及操作者对采样技术的熟练程度，分析操作的可行性和评估可能不良反应，选择更适合、活检成功把握度高的方法，如超声、CT或导航直视下操作可直达病变部位，精确取材可显著提高mNGS的检出阳性率。肺组织标本较BALF人源背景序列高，虽然目前无相关研究比较同一部位BALF和肺组织mNGS结果，既往的研究结果和经验显示，对于多种病原体，BALF较肺组织敏感度更高。以适当技术进行人源核酸去除可有效提高整体检测敏感度。同时建议新鲜组织行mNGS，虽然目前也有福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)标本行mNGS，但由于实验流程复杂，对DNA和RNA易造成损害。虽然FFPE可长期保存，但却很难被有效地处理和分析，另外易被如真菌、NTM及细菌等环境微生物污染。

除了呼吸道感染继发血流感染的情况外，肺部病原凋亡后的细胞游离DNA依然可能释放到外周血中被检测到。当前对于外周血mNGS检测提示呼吸道感染责任病原的可行性缺乏大规模临床研究的支持，但是一些研究结果提示其可行性。在这类小规模研究中，对于呼吸道感染的患者，外周血中病原检测阳性率为35%~86.7%，造血干细胞移植患者疑似侵袭性曲霉感染患者中外周血mNGS检测的敏感度为51%，对于非曲霉侵袭性真菌感染的敏感度达79%。

某些病原体可导致全身多部位感染，如分枝杆菌、隐球菌、诺卡菌等，肺部病灶作为全身感染的一个部分，若临床上考虑一元论的可能性大，但又无法明确诊断时，可根据获得标本的难易程度及诊断价值，取多个病灶行mNGS检测，检测结果符合临床特征及胸部影像，可作为辅助诊断肺部病灶的依据。

来源：中华临床感染病杂志, 2022,15(2) : 90-102.

本文节选自《呼吸系统感染中宏基因组测序技术临床应用与结果解读专家共识》