壹生资讯-今日技能|mNGS在呼吸危重症诊治中的作用

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2022-03-09作者：论坛报小璐资讯

呼吸非原创

mNGS简介

定义

病原宏基因组测序技术（mNGS）是指宏基因组二代测序，临床也称之为二代测序、宏基因组测序、高通量测序。

优势

没有偏移性：如一个标本中既有曲霉菌又有白色念珠菌，培养时，如果白色念珠菌生长较快，便会影响曲霉菌的生长，所以培养是有偏移性的，但理论上说，宏基因组测序对病原学诊断没有偏移性。
广覆盖：可以同时检测多种病原体（如细菌、真菌、病毒、寄生虫、支原体/衣原体、分枝杆菌）。
高效率：从收到样本到出具检测报告只需24~36小时。

mNGS检测流程

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DNA检测流程适用于疑似DNA病原体感染时，如细菌、真菌、寄生虫、DNA病毒等。
RNA检测流程适用于疑似RNA病毒感染时，如流感病毒、呼吸道合胞病毒、冠状病毒等RNA病毒。
当病毒感染难以排除时，建议同时送检DNA+RNA检测流程。譬如呼吸道感染中RNA病毒较为常见，DNA+RNA相比单独的DNA检测能够覆盖更多病原体，真正做到“一网打尽”。

mNGS在呼吸危重症中的应用背景

下呼吸道感染：是目前危害大众健康最为严重的疾病之一，位列全球疾病死因第四位，因下呼吸道感染致死的人数已经占全球总死亡人数4.83%。

重症肺炎患者感染诊断困难：50%以上缺少病原学证据。

mNGS的诊断价值

① mNGS协助诊断新发病原体；② mNGS提高病原体检出率；③ mNGS可以提高真菌病毒检出率；④ mNGS提高病原体检出率。

2021年2月最新专家共识推荐：

各种原因导致患者急危重症表现，不除外感染所致，或考虑继发或并发危及生命的严重感染，建议常规检测的同时，或在常规检测基础上，开展mNGS。
急危重症指重要脏器衰竭，甚至多器官功能衰竭，也包括脓毒性休克、血流感染、脑膜炎、重症肺炎、复杂性腹腔感染、骨髓炎和脓毒性关节炎、坏死性筋膜炎等皮肤软组织感染等临床情况。

mNGS对病人预后的影响

mNGS可指导患者优化抗菌药物治疗，提高治疗成功率。

mNGS可提升感染患者生存率。

mNGS检测病原体所面临的挑战

1. 检测报告：难区分真正病原菌与定殖微生物，解读缺乏标准。

2. 难破壁病原体检测：优化分枝杆菌属、真菌等破壁技术。

3. 检测技术：自动化和标准化。

4. 耐药检测：耐药表型和基因型关系，随着技术进步，耐药基因高覆盖的mNGS检测技术将会形成。

来源Focus聚焦呼吸作者上海市东方医院王飞龙

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