CIP肺微生物的组成和收敛的菌群多样性

研究团队纳入的三组样本，在年龄、性别、BMI、烟包年指数和病理学分期等方面无明显差异。所有 CIP 组参与者均接受抗 PD-1 单药治疗，中位肺炎发病时间为6个周期。作者共鉴定出19门、36纲、87目、143科、276属、401种。丰度最高的5个门依次为变形菌门（Proteobacteria）、厚壁菌门（Firmicutes）、拟杆菌门（Bacteroidetes）、放线菌门（Actinobacteria）和蓝细菌门。变形菌门是各组的优势门。在门水平上，CIP组的α多样性显著高于IPF组和LC组。在属和ASV水平上，CIP组的多样性显著低于其他组。这表明随着细菌分类的精细化，CIP炎症浸润区的微生物多样性发生了收敛。

差异微生物分析和功能预测

基于LEfSe和DESeq2分析，作者团队发现Vibrio, Halomonas, Mangrovibacter和Salinivibrio是CIP患者BALF中的优势菌，均属于变形菌门。在种水平上比较各组优势菌的相对丰度，发现CIP组的Vibrio metschnikovii和Mangrovibacter plantisponsor的相对丰度明显高于其他两组。

功能预测分析表明，相比于IPF和LC组，CIP组有机化合物（如硫胺素二磷酸、噻唑、四氢嘧啶和Kdo2-脂质A）的生物合成过程，以及脂肪酸代谢更加活跃。而糖原降解、丙酮酸代谢和脱氧核糖核苷酸生物合成速率则明显降低。

优势菌与宿主免疫应答的相关性

作者团队对CIP组BALF中的免疫细胞进行了Wright-Giemsa染色和计数。免疫细胞和所有菌属的Spearman相关分析表明，中性粒细胞与29个属呈显著负相关，其中包括Lachnospiraceae_NK4A136_group、Christensenellaceae_R_7_group 和 Akkermansia等常见的潜在益生菌。此外，淋巴细胞与Vibrio（r = 0.72， P-adj = 0.007）、盐单胞菌（r = 0.65， P-adj = 0.023）均表现出强相关性。然而，同为CIP优势菌的Mangrovibacter和Salinivibrio与淋巴细胞的相关性则并不显著。

通过流式细胞术对淋巴细胞亚群进行细分。尽管CIP组淋巴细胞增多，但没有表现出统一的向CD4或CD8 T细胞的偏倚。CD8 T细胞与Brevundidas负相关，与Clostridia_UCG_014、Muribaculaceae和Parabacteroides呈显著正相关。CD4 T细胞仅与Weissella正相关。B细胞与产丁酸盐的Anaerostipes正相关，与致病性Staphylococcus呈负相关。NK细胞作为先天免疫系统的关键组成部分，则与环境菌表现出调节性或反应性相互作用。

多组学分析与月桂酰肉碱的T细胞激活效应

在之前的研究中，作者对同一队列的BALF样本进行了非靶向代谢组学检测。

本研究中，作者基于“mixOmics” R包构建了微生物组学-代谢组学综合模型（二者相关系数r = 0.68），并筛选出与所有优势菌均显著正相关的月桂酰肉碱。月桂酰肉碱（C12：0）是一种中间代谢产物，是月桂酸酯的活化形式。用月桂酰肉碱分别处理小鼠脾细胞和人PBMC细胞，可明显促进CD4与CD8 T细胞分泌活化因子TNF-α和IFN-γ。

该研究描绘了CIP患者肺微生物的组成及与宿主免疫学表型之间的潜在关联，并通过多组学分析揭示了月桂酰肉碱促进小鼠和人T细胞活化的效应，为理解CIP的宿主免疫-代谢-微生物失衡提供了新的视角。