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如何结合临床正确解读mNGS检出低序列数病原的报告？| 专家观点

2023-05-19作者：论坛报木易资讯

非原创

mNGS检测结果如果不结合临床进行评估，其临床意义将大打折扣，特别需要警惕仅仅依据mNGS检测结果启动、调整、联合或停用抗菌药物治疗。

1. 结合临床标本类型与检出病原体进行解读：

（1）临床标本：严格把握标本采集的无菌原则，从临床角度避免可能的污染；尽量采用可靠的下呼吸道感染送检标本，首选BALF；痰液检测结果的可靠性非常低，解读时需格外谨慎。必要时可考虑送检血液、胸腔积液和肺穿刺活检标本，虽然阳性率较低，但可靠性明显增加。

（2）检出病原体：呼吸道与外界环境相通、以及开放式采集导致操作过程中除病原微生物外，还会引入来自环境的微生物，解读务必谨慎。

当下呼吸道标本检出低序列数的下列病原体时考虑致病微生物的可能性大：

不存在或很少存在于口腔的病原体，如嗜肺军团菌、衣原体、百日咳博德特菌、白喉棒状杆菌等；

结核分枝杆菌复合群（MTBC，包括MTB、卡内蒂分枝杆菌、非洲分枝杆菌和牛分枝杆菌）；

NTM（常见致病的有鸟胞内分枝杆菌复合群、脓肿分枝杆菌复合群、堪萨斯分枝杆菌等）；

真菌如隐球菌属、曲霉属、毛霉目及其他丝状真菌；

但如果是免疫功能严重抑制的患者，即使检测出的是低毒力病原体，仍需考虑致病微生物可能性大。

对于罕见病原，如鼠疫耶尔森菌、汉坦病毒、白蛉病毒、钩端螺旋体、荚膜组织胞浆菌、球孢子菌等，以及各种寄生虫，mNGS低序列检出时必须结合其他实验室检查进一步验证。

检出的低序列数病原体怀疑污染时，应提请实验室结合空白对照或阴性对照以及整个批次临床样本对该病原的检出情况进行分析。若仅该样本检出，则污染的可能性较小；若对照样本或同批次其他样本中也检出同一病原体，则污染的可能性较大。

2. 结合临床表现和感染标志物进行解读：

包括感染性疾病的临床症状、体征、常规实验室检查（血常规、ESR等）、影像学改变和感染生物标志物（C反应蛋白、降钙素原等）。首先判定是否存在感染的临床证据，没有临床感染证据的mNGS结果很可能是去宿主后放大的背景菌或污染菌，或是定植的病原体，判定为致病菌的可能性非常低；反之应进一步确认其致病的可能性。

3. 结合临床微生物常规实验室检查结果解读：

包括下呼吸道标本的涂片、镜检、培养结果，病原体特殊染色（特别是真菌相关的特殊染色），病原体相关抗原和抗体检测（如隐球菌荚膜多糖抗原、G试验、GM试验、曲霉特异性IgG抗体等），以及特异性qPCR检测等，必要时行组织病理学检查。

4. 综合评估与分析：

mNGS检出的病原体序列数差异受众多因素影响，因此对于低序列数病原体临床意义的判断，应进行综合评估分析。对于难以判定的mNGS检测结果，建议由包括实验室技术人员、生信分析人员、临床主管医生、临床微生物专家、临床感染病专家组成的团队，结合患者的临床表现、影像学改变和其他实验室检测结果，共同商议决定；如果仍然难以确定，必要时可组织专项的多学科（MDT）讨论进行决策。

引用本文:施毅, 李培. 下呼吸道感染宏基因组二代测序检测出低序列数病原体的诊断价值与思考 [J] . 中华结核和呼吸杂志, 2023, 46(4) : 311-314

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